Медицинская генетика, методы генетики
Сателлитные ДНК локализованные тандемные повторы

Сателлитные ДНК (локализованные тандемные повторы)

 

Большинство эукариотических геномов содержат тандемно организованные высокоповторенные последовательности . В некоторых видах эти повторы составляют большинство геномной ДНК. Например, у кенгуровой крысы (Dipodomys ordii) более 50% всего генома состоит из трех повторенных последовательностей: AAG (2.4 млрд. копий), TTAGGG (2.2 млрд. копий) и ACAAGCGGG (1.2 млрд. копий) ( Widegren et al, 1985 ). Конечно, эти семейства не полностью гомогенны, а содержат множество вариантов, которые отличаются от консенсусной последовательности по одной-двум позициям. Например, некоторые последовательности в TTAGGG семействе являются последовательностями TTAGAG. Несмотря на то, что многие из локализованных высоких повторов имеют столь одинаковый нуклеотидный состав, после фракционирования геномной ДНК и разделения в градиенте плотности, они образуют одну или более четких полос, отделимых от основного ДНК - "бэнда" и от фона, созданного фрагментами более гетерогенного состава. Эти полосы получили название сателлитной ДНК .

 

У некоторых видов тандемные высокоповторенные последовательности располагаются на всех хромосомах, тогда как у других они локализованы в определенных местах. Например, 60% генома Dr. nasutoides состоит из сателлитной ДНК, и вся она локализована в одной из четырех хромосом ( Miklos, 1985 ). Основываясь на данных, ставших доступными к настоящему времени, вполне вероятно предположить, что локализованные высокие повторы не имеют какой-либо конкретной функции. Более того, возможно, что они не увеличивают и не уменьшают приспособленности особей. Следовательно, эволюция таких последовательностей не испытывала влияния естественного отбора, а определялась в основном генной конверсией и неравным кроссинговером. Действие этих механизмов может иметь два следствия:

 

1) гомогенность последовательностей и

 

2) значительные флуктуации в числе копий за время эволюции. Также было предположено, что скорость обмена локализованных повторов довольна высока; таким образом, существующие блоки могут удаляться неравным кроссиноговером, тогда как новые могут непрерывно создаваться в процессе дупликации ДНК ( Walsh, 1987 ).

 

Хорошо изученным представителем часто повторяющиеся последовательности, число которых превышает 105 на гаплоидный геном, является сателлитная ДНК, которая состоит из коротких тандемных повторов длиной 1-20 п.о., организованных в длинные блоки. Одними из первых среди повторяющихся последовательностей ДНК эукариот были открыты сателлитные ДНК тимуса телят. Свое название они получили на основании того, что при анализе суммарной эукариотической ДНК центрифугированием в градиенте плотности хлористого цезия они сопровождали основной пик оптической плотности в виде плеча (спутника, сателлита). Именно гомогенный нуклеотидный состав фракции сателлитных ДНК, определяемый наличием в ней многочисленных коротких повторов, изменял ее плавучую плотность, что легко обнаруживалось при центрифугировании. В классическом определении сателлитных ДНК Р.Д. Бриттен и соавт. (1974 г.) отмечали, что сателлиты - это минорный компонент ДНК, отделяющийся от основной ДНК при равновесном ультрацентрифугировании в градиенте плотности CsCl.

 

Для сателлитов характерен ряд свойств:

 

а) быстрая и точная реассоциация в процессе ренатурации ДНК;

 

б) множество копий;

 

в) простая первичная структура;

 

г) гомогенный состав (протяженные кластеры одних и тех же повторяющихся блоков последовательны);

 

д) пурин-пиримидиновая асимметрия в распределении нуклеотидов по цепям ДНК;

 

е) концентрирование в прицентромерном гетерохроматине;

 

ж) ограниченная репликация (недорипликация) при политенизации хромосом;

 

з) нахождение в составе хромосом в виде тандемно (друг за другом) расположенных кластеров.

 

Микро- (от 1 до 4 п.о. в основном повторяющемся блоке) и минисателлитные (с бoльшим числом п.о. в индивидуальном повторе) ДНК характеризуются высокой вариабельностью по числу копий в геномах организмов даже одного вида и в ряде случаев обладают генетической нестабильностью как в норме, так и при некоторых патологических состояниях организмов. Благодаря этому свойству мини- и микросателлиты часто называют тандемными повторами с изменяющимся числом копий VNTR (variable number of tandem repeats) .

 

Впервые последовательности сателлитных ДНК человека были выделены центрифугированием в градиенте плотности хлористого цезия [ Corneo et al., 1967 ] как отдельные, сателлитные фракции, отличающиеся по плавучей плотности от основной массы ДНК.

 

К настоящему времени в геноме человека обнаружено по крайней мере шесть видов сателлитных повторов [ Lee et al., 1997 ]:

 

1.Короткие прямые повторы, так называемые классические сателлиты .

 

Выделяют три типа классических сателлитов:

 

сателлит 1 , имеющий элементарную повторяющуюся единицу длиной 42 н. п. и обнаруженный на хромосомах 3 , 4 , 13 , 14 , 15 , 21 , 22 ;

 

сателлит 2 , имеющий элементарную повторяющуюся единицу длиной 5 н. п. и обнаруженный на хромосомах 1 , 2 , 10 , 16 ;

 

сателлит 3 , имеющий элементарную повторяющуюся единицу длиной 5 н. п. и обнаруженный на хромосомах 1 , 5 , 9 , 10 , 13 , 14 , 15 , 17 , 20 , 21 , 22 , Y ;

 

2. альфа-сателлитные повторы , имеющие элементарную повторяющуюся единицу длиной 171 н. п. и обнаруженные на всех хромосомах человека;

 

3. бета-сателлитные повторы , имеющие элементарную повторяющуюся единицу

 

длиной 68 н. п. и обнаруженные на хромосомах 1 , 3 , 9 , 13 , 14 , 15 , 21 , 22 , Y ;

 

4. гамма-сателлитные повторы , имеющие элементарную повторяющуюся единицу длиной 220 н. п. и обнаруженные на хромосомах 8 , X

 

5. - сателлитные повторы , имеющие элементарную повторяющуюся единицу длиной 48 н. п. и обнаруженные на хромосомах 13 , 14 , 15 , 21 , 22 , Y ;

 

6. Sn5 - сателлитные повторы , обнаруженные на хромосомах 2 , 13 , 14 , 15 , 20 , 21 , 22 (длина повторяющейся единицы неизвестна).

 

Хорошо изученным представителем часто повторяющиеся последовательности, число которых превышает 105 на гаплоидный геном, является сателлитная ДНК, которая состоит из коротких тандемных повторов длиной 1-20 п.о., организованных в длинные блоки. Одними из первых среди повторяющихся последовательностей ДНК эукариот были открыты сателлитные ДНК тимуса телят. Свое название они получили на основании того, что при анализе суммарной эукариотической ДНК центрифугированием в градиенте плотности хлористого цезия они сопровождали основной пик оптической плотности в виде плеча (спутника, сателлита). Именно гомогенный нуклеотидный состав фракции сателлитных ДНК, определяемый наличием в ней многочисленных коротких повторов, изменял ее плавучую плотность, что легко обнаруживалось при центрифугировании. В классическом определении сателлитных ДНК Р.Д. Бриттен и соавт. (1974 г.) отмечали, что сателлиты - это минорный компонент ДНК, отделяющийся от основной ДНК при равновесном ультрацентрифугировании в градиенте плотности CsCl.

 

Для сателлитов характерен ряд свойств:

 

а) быстрая и точная реассоциация в процессе ренатурации ДНК;

 

б) множество копий;

 

в) простая первичная структура;

 

г) гомогенный состав (протяженные кластеры одних и тех же повторяющихся блоков последовательны);

 

д) пурин-пиримидиновая асимметрия в распределении нуклеотидов по цепям ДНК;

 

е) концентрирование в прицентромерном гетерохроматине;

 

ж) ограниченная репликация (недорипликация) при политенизации хромосом;

 

з) нахождение в составе хромосом в виде тандемно (друг за другом) расположенных кластеров.

 

Содержание сателлитной ДНК в геноме эукариот может достигать 5-50% от суммарного количества ДНК. Микро- (от 1 до 4 п.о. в основном повторяющемся блоке) и минисателлитные (с бoльшим числом п.о. в индивидуальном повторе) ДНК характеризуются высокой вариабельностью по числу копий в геномах организмов даже одного вида и в ряде случаев обладают генетической нестабильностью как в норме, так и при некоторых патологических состояниях организмов. Благодаря этому свойству мини- и микросателлиты часто называют тандемными повторами с изменяющимся числом копий VNTR (variable number of tandem repeats) .

 

Впервые последовательности сателлитных ДНК человека были выделены центрифугированием в градиенте плотности хлористого цезия [ Corneo et al., 1967 ] как отдельные, сателлитные фракции, отличающиеся по плавучей плотности от основной массы ДНК.

 

К настоящему времени в геноме человека обнаружено по крайней мере шесть видов сателлитных повторов [ Lee et al., 1997 ]:

 

1.Короткие прямые повторы, так называемые классические сателлиты .

 

Выделяют три типа классических сателлитов:

 

сателлит 1 , имеющий элементарную повторяющуюся единицу длиной 42 н. п. и обнаруженный на хромосомах 3 , 4 , 13 , 14 , 15 , 21 , 22 ;

 

сателлит 2 , имеющий элементарную повторяющуюся единицу длиной 5 н. п. и обнаруженный на хромосомах 1 , 2 , 10 , 16 ;

 

сателлит 3 , имеющий элементарную повторяющуюся единицу длиной 5 н. п. и обнаруженный на хромосомах 1 , 5 , 9 , 10 , 13 , 14 , 15 , 17 , 20 , 21 , 22 , Y ;

 

2. альфа-сателлитные повторы , имеющие элементарную повторяющуюся единицу длиной 171 н. п. и обнаруженные на всех хромосомах человека;

 

3. бета-сателлитные повторы , имеющие элементарную повторяющуюся единицу

 

длиной 68 н. п. и обнаруженные на хромосомах 1 , 3 , 9 , 13 , 14 , 15 , 21 , 22 , Y ;

 

4. гамма-сателлитные повторы , имеющие элементарную повторяющуюся единицу длиной 220 н. п. и обнаруженные на хромосомах 8 , X

 

5. - сателлитные повторы , имеющие элементарную повторяющуюся единицу длиной 48 н. п. и обнаруженные на хромосомах 13 , 14 , 15 , 21 , 22 , Y ;

 

6. Sn5 - сателлитные повторы , обнаруженные на хромосомах 2 , 13 , 14 , 15 , 20 , 21 , 22 (длина повторяющейся единицы неизвестна).


просмотров: 2103
Search All Amazon* UK* DE* FR* JP* CA* CN* IT* ES* IN* BR* MX
Search All Ebay* AU* AT* BE* CA* FR* DE* IN* IE* IT* MY* NL* PL* SG* ES* CH* UK*
Search Results from AllSoft: новости

Сан-Франциско ждет! Вы — Маркус, блестящий хакер, объединяетесь с DedSec, чтобы противостоять ctOS 2.0, системе глобального контроля. Сокрушите ее, это будет взлом века!
Первым покупателям — скидка 250 рублей! Успей купить первым! 


подробнее»
181528

PrintStore Pro — программа для учета расходных материалов и оборудования. Просчитывает запас каждого картриджа в каждом принтере и помогает сформировать заказ на следующий период. Поддерживает учет перезаправок. Учитывает при всех операциях совместимость принтеров и картриджей. Хранит историю всех действий с картриджами и принтерами, позволяет создавать множество отчетов.


подробнее»
123795

Fax Voip T38 Fax & Voice — факс и автоответчик для вашей SIP/H.323/ISDN сети. Виртуальные голосовые факс модемы. Поддержка T.38, Fax поверх G.711 и CAPI факс. Одновременные SIP регистрации, маршрутизация вызовов, цветные факсы. Совместимость со стандартными факс программами. Fax Voip принтер, Консоль Fax Voip для управления факсами. Сохранение входящих факсов в TIFF/PDF/SFF файлы. Маршрутизация входящих факсов: E-mail, Сохранить в папке, Печать. Факс по запросу. Отправка факса через e-mail (Почта-на-факс) и получение факсов на e-mail (Факс-на-почту).


подробнее»
139103

Fax Voip T38 Fax & Voice — факс и автоответчик для вашей SIP/H.323/ISDN сети. Виртуальные голосовые факс модемы. Поддержка T.38, Fax поверх G.711 и CAPI факс. Одновременные SIP регистрации, маршрутизация вызовов, цветные факсы. Совместимость со стандартными факс программами. Fax Voip принтер, Консоль Fax Voip для управления факсами. Сохранение входящих факсов в TIFF/PDF/SFF файлы. Маршрутизация входящих факсов: E-mail, Сохранить в папке, Печать. Факс по запросу. Отправка факса через e-mail (Почта-на-факс) и получение факсов на e-mail (Факс-на-почту).


подробнее»
141754

Retouch Pilot — программа для удаления изъянов с фотографий, таких как царапины, мелкие пятна и другие мелкие дефекты, существующие на фото или полученные при сканировании. Вы можете удалять целые объекты, попавшие случайно в кадр, а также инструментом пластика изменять форму и пропорции. Программа позволяет ретушировать изъяны кожи - пятнышки, морщинки и др..


подробнее»
26516

R-Studio — эффективное программное обеспечение, позволяющее восстанавливать данные с жестких дисков, CD, DVD, дискет, USB дисков, ZIP дисков и устройств флеш-памяти.


подробнее»
88115

Сборка электронных каталогов автозапчастей включает в себя грузовые автомобили Европы и Китая. В сборку включена программа Tecdoc, позволяющая подобрать не оригинальные запчасти.


подробнее»
183206

Sound Pilot озвучивает клавиатуру. Каждое прикосновение к клавиатуре рождает звук, который разнообразит процесс набора текста, развлекает и снижает утомляемость.


подробнее»
78205
Search Results from «Озон» Медицинская литература
2007 Copyright © GenDNA.ru Мобильная Версия v.2015 | PeterLife и компания
Пользовательское соглашение использование материалов сайта разрешено с активной ссылкой на сайт
Яндекс.Метрика Яндекс цитирования