Медицинская генетика, методы генетики
Повторы в эукариотическом геноме

Повторы в эукариотическом геноме

 

Геном эукариот характеризуется двумя основными особенностями: 1) Повторенность последовательностей; 2) Разделением по составу на различные фрагменты, характеризуемые специфическим содержанием нуклеотидов;

 

Повторенная ДНК состоит из нуклеотидных последовательностей различной длины и состава, которые встречаются в геноме несколько раз либо в тандемно-повторенном, либо в диспергированном виде. Последовательности ДНК, которые не повторяются, называются уникальной ДНК (single-copy DNA). Размер части генома, занятой повторяющимися последовательностями, широко варьирует между таксонами. У дрожжей он достигает 20%, у млекопитающих до 60% всей ДНК повторяется. У растений процент повторенных последовательностей может превышать 80%.

 

По взаимной ориентации в структуре ДНК различаются прямые, инвертированные, симметричные повторы, палиндромы, комплементарные палиндромы и т.п. В очень широком диапазоне варьирует и длина (в числе оснований) элементарной повторяющейся единицы, и степень их повторяемости, и характер распределения в геноме (наиболее грубая классификация: тандемно и дисперсно распределенные повторы); наконец, периодичность повторений ДНК может иметь очень сложную структуру, когда короткие повторы включены в более протяженные или окаймляют их и т.д.

 

Ставшая классической работа Бриттена и Кона (Britten, Kohne, 1968) по кинетике ренатурации ДНК показала, что геномы высших эукариот можно грубо разделить на четыре фракции: самокомплементарная ДНК (foldback DNA), высоко повторенная ДНК (highly repetitive DNA), умеренно повторенная ДНК (middle repetitive DNA) и уникальные последовательности (single-copy DNA). Самокомплементарная ДНК состоит из палиндромных последовательностей, способных образовывать двуцепочечные шпильки, "замыкаясь" сами на себя. Фракция высоких повторов состоит из коротких последовательностей длиной от нескольких нуклеотидов до нескольких сотен н.п., которые имеют около 500,000 копий. В умеренные повторы входят более длинные последовательности от сотен до тысяч н.п., имеющие до 100 копий на геном.

 

Поиск, классификация и в дальнейшем выявление функции повторов- необходимый этап при анализе геномов. Повторы могут быть точными и неточными. Кроме того, для последовательностей ДНК можно рассматривать зеркальные и инвертированные повторы. С биологической точки зрения интересны также неточные повторы. Такие повторы иногда называются вырожденными.

 

Дупликации. Повторы в геномных последовательностях были обнаружены довольно давно. Подробную сводку ранних сведений можно найти в книге Газаряна и Тарантула. Повторы в геномах можно классифицировать по-разному:

 

(1) Некоторые геномы сами являются дупликациями.

 

(2) Сегментарные дупликации, особенно выраженные в геноме человека. Такие дупликации включают перенос 1-200 т.п.о. блоков геномных последовательностей в основном в прицентромерные и в меньшей степени в субтеломерные районы хромосом. Степень гомологии таких дупликаций выше 90%. Некоторые из этих дупликаций связаны с геномными болезнями.

 

Сегментарные дупликации занимают 3.3% генома человека ( IHGSC, 2001 , Venter et al., 2001 ).

 

(3) Дупликации генов и генные семейства.

 

(4) Множественные копии мобильных элементов.

 

(5) Простые повторы (короткие, от 1 до нескольких десятков нуклеотидов, в том числе микросателлиты и минисателлиты , которые по-видимому, не кодируют никаких продуктов.

 

(6) Палидромы.

 

(7) Блоки тандемно повторенных последовательностей, такие как последовательности в центромерах, теломерах, коротких плечах акроцентрических хромосом, кластеры рибосомальных генов.

 

(8) Инактивированные ретротранспозированные копии генов.

 

(9) Внутрибелковые повторы ( Heringa, 1998 ). По частоте встречаемости различают низкокопийные (примерно до 10 копий), умеренно повторяющиеся последовательности (от 10 до 104), часто повторяющиеся последовательности (более 105). По типу следования различают диспергированные и тандемные повторы.

 

Геном человека известен на 94% ( IHGSC, 2001 ). На основании этого материала можно сделать следующие выводы. Повторы занимают по крайней мере 50% генома. В геноме человека (и млекопитающих) встречаются мобильные элементы четырех типов.

 

Это long interspersed elements ( LINE , длина 6 т.п.о., число копий 8.5*105, число семейств 3, 21% генома);

 

short interspersed elements ( SINE , 100-400 п.о., 1.5*106, 3, 13% генома);

 

LTR retrotransposons (1.5-11 т.п.о., 4.5*105, ?100, 8%);

 

ВNA transposons (80-3000 п.о., 3*105, ?100, 3%). Несеквенированная пока часть генома относится в основном к центромерным областям хромосом и содержит тандемные кластеры альфа-сателлитных последовательностей.


просмотров: 2015
Search All Amazon* UK* DE* FR* JP* CA* CN* IT* ES* IN* BR* MX
Search All Ebay* AU* AT* BE* CA* FR* DE* IN* IE* IT* MY* NL* PL* SG* ES* CH* UK*
300 Мбит/с Wifi репитер Wireless-N 802.11 AP маршрутизатор расширитель усилитель сигнала диапазона

573,78 руб.
End Date: 06.04 11:00
Buy It Now for only: US 573,78 руб.
Buy it now |
HD 4K*2K HDMI разветвитель 1X2 2 порт усилитель повторитель концентратор 1080p 1 в 2 выход АС

56,09 руб.
End Date: 11.04 05:02
Buy It Now for only: US 56,09 руб.
Buy it now |
802.11 репитер WiFi 300 Мбит/с Wireless-N AP спектр сигнала удлинитель бустер Au нам g

631,94 руб.
End Date: 02.04 12:33
Buy It Now for only: US 631,94 руб.
Buy it now |
WiFi взрыва беспроводной повторитель Wi-Fi диапазон расширитель 300 Мбит/с wifiblast усилитель

882,99 руб.
End Date: 12.04 12:03
Buy It Now for only: US 882,99 руб.
Buy it now |
Горячее предложение! новые Pokemon TCG: 100 флэш-карты редкий лот 20 Mega +80 ex-карты не повторить

356,78 руб.
End Date: 26.03 13:04
Buy It Now for only: US 356,78 руб.
Buy it now |
Comfast двойного диапазона 1200 Мбит/с Wifi повторитель беспроводной диапазон расширитель усилитель сеть

1 552,85 руб.
End Date: 09.04 20:34
Buy It Now for only: US 1 552,85 руб.
Buy it now |
Удалить перед полетом бирка вышивка брелок кольцо для ключей для авиации OEM брелок

188,28 руб.
End Date: 09.04 15:52
Buy It Now for only: US 188,28 руб.
Buy it now |
300 Мбит/с WiFi-ретранслятор, Wireless-N диапазон удлинитель и усилитель сигнала, точка доступа и Ethernet порт

637,61 руб.
End Date: 10.04 10:53
Buy It Now for only: US 637,61 руб.
Buy it now |
Search Results from AllSoft: новости

Сан-Франциско ждет! Вы — Маркус, блестящий хакер, объединяетесь с DedSec, чтобы противостоять ctOS 2.0, системе глобального контроля. Сокрушите ее, это будет взлом века!
Первым покупателям — скидка 250 рублей! Успей купить первым! 


подробнее»
181528

PrintStore Pro — программа для учета расходных материалов и оборудования. Просчитывает запас каждого картриджа в каждом принтере и помогает сформировать заказ на следующий период. Поддерживает учет перезаправок. Учитывает при всех операциях совместимость принтеров и картриджей. Хранит историю всех действий с картриджами и принтерами, позволяет создавать множество отчетов.


подробнее»
123795

Fax Voip T38 Fax & Voice — факс и автоответчик для вашей SIP/H.323/ISDN сети. Виртуальные голосовые факс модемы. Поддержка T.38, Fax поверх G.711 и CAPI факс. Одновременные SIP регистрации, маршрутизация вызовов, цветные факсы. Совместимость со стандартными факс программами. Fax Voip принтер, Консоль Fax Voip для управления факсами. Сохранение входящих факсов в TIFF/PDF/SFF файлы. Маршрутизация входящих факсов: E-mail, Сохранить в папке, Печать. Факс по запросу. Отправка факса через e-mail (Почта-на-факс) и получение факсов на e-mail (Факс-на-почту).


подробнее»
139103

Fax Voip T38 Fax & Voice — факс и автоответчик для вашей SIP/H.323/ISDN сети. Виртуальные голосовые факс модемы. Поддержка T.38, Fax поверх G.711 и CAPI факс. Одновременные SIP регистрации, маршрутизация вызовов, цветные факсы. Совместимость со стандартными факс программами. Fax Voip принтер, Консоль Fax Voip для управления факсами. Сохранение входящих факсов в TIFF/PDF/SFF файлы. Маршрутизация входящих факсов: E-mail, Сохранить в папке, Печать. Факс по запросу. Отправка факса через e-mail (Почта-на-факс) и получение факсов на e-mail (Факс-на-почту).


подробнее»
141754

Retouch Pilot — программа для удаления изъянов с фотографий, таких как царапины, мелкие пятна и другие мелкие дефекты, существующие на фото или полученные при сканировании. Вы можете удалять целые объекты, попавшие случайно в кадр, а также инструментом пластика изменять форму и пропорции. Программа позволяет ретушировать изъяны кожи - пятнышки, морщинки и др..


подробнее»
26516

R-Studio — эффективное программное обеспечение, позволяющее восстанавливать данные с жестких дисков, CD, DVD, дискет, USB дисков, ZIP дисков и устройств флеш-памяти.


подробнее»
88115

Сборка электронных каталогов автозапчастей включает в себя грузовые автомобили Европы и Китая. В сборку включена программа Tecdoc, позволяющая подобрать не оригинальные запчасти.


подробнее»
183206

Sound Pilot озвучивает клавиатуру. Каждое прикосновение к клавиатуре рождает звук, который разнообразит процесс набора текста, развлекает и снижает утомляемость.


подробнее»
78205
Search Results from «Озон» Медицинская литература
 
Карл Циммер Микрокосм. E. coli и новая наука о жизни Microcosm: E. coli and the New Science of Life
Микрокосм. E. coli и новая наука о жизни
Цитата
"В начале XX в. ученые, стремясь познать природу жизни, начали исследовать безвредные штаммы E. coli. И кое-кому из них уже в конце первого десятилетия пришлось съездить в Стокгольм за Нобелевскими премиями, присужденными за эти работы. Позже новые поколения ученых пытались разобраться в устройстве E. coli. Они тщательно изучили большую часть из четырех с чем-то тысяч генов этого микроорганизма и открыли новые законы жизни.

Именно на примере E. coli мы начинаем понимать, как гены согласованно работают, поддерживая жизнь, и как жизнь попирает стремление Вселенной к беспорядку и хаосу. E. coli - одноклеточный микроорганизм и как таковой имеет на первый взгляд мало общего с представителями высокоорганизованных видов, таких как наш. Но ученые продолжают находить все новые и новые параллели между нами".

Карл Циммер



О чем книга
E. coli, или кишечная палочка, - микроорганизм, с которым мы сталкиваемся практически ежедневно, но который при этом является одним из важнейших инструментов биологической науки. С ним связаны многие крупнейшие события в истории биологии, от открытия ДНК до новейших достижений генной инженерии. E. coli - самое изученное живое существо на Земле. Интересно, что E. coli - общественный микроб.

Почему книга достойна прочтения
Автор проводит удивительные и тревожные параллели между жизнью E. coli и нашей собственной жизнью. Он показывает, как этот микроорганизм меняется практически на глазах исследователей, раскрывая перед их изумленным взором миллиарды лет эволюции, закодированные в его геноме.

Для кого эта книга
Для всех интересующихся биологией, тайнами природы человека и новой наукой о жизни.

Кто автор
Карл Циммер - один из лучших научных журналистов, постоянный участник научно-популярных программ, автор нескольких бестселлеров, в том числе переведенных на русский язык: "Паразит - царь природы: Тайный мир самых опасных существ на Земле" и "Эволюция: Триумф идеи". Неизменный интерес публики вызывают его публикации в New York Times, Discover, National Geographic, Natural History, Nature и Science. Лауреат многочисленных премий, в том числе премии за научную журналистику Американской ассоциации содействия развитию науки. Живет в Нью-Йорке.

Ключевые понятия
E.coli, кишечная палочка, микроорганизмы, биология, человек, эволюция, общество, наука, микрокосм....

Цена:
639 руб

Вирус как организм
Вирус как организм
Основная цель этой работы заключается в рассмотрении некоторых вирусных болезней с биологической точки зрения. Несмотря на большие достижения в области выявления физико-химической природы вирусов, мы в настоящее время еще не можем отказаться от нашего представления о них как о живых организмах, воспроизводящих себе подобных и вынужденных бороться за свое дальнейшее существование совершенно так же, как и все остальные живые организмы. Такое представление о вирусе совершенно необходимо при попытке установить определенную зависимость между всей массой экспериментальных и клинических данных и законами общей биологии....

Цена:
242 руб

М. М. Меджидов Справочник по микробиологическим питательным средам
Справочник по микробиологическим питательным средам
В справочнике представлены краткие данные о сухих микробиологических питательных средах, выпускаемых отечественной промышленностью. Приводится физико-химическая и биологическая характеристика белковых основ, используемых в производстве питательных сред, а также составных компонентов, обеспечивающих оптимальные условия роста и размножения различных таксономических групп микроорганизмов. Вниманию специалистов представлены данные о микротест-системах, предназначенных для ускоренной биохимической идентификации микроорганизмов.

Для микробиологов, эпидемиологов и инфекционистов, а также студентов медицинских академий и университетов....

Цена:
550 руб

Генетические связи. Наследственность и здоровье. Домашний медицинский справочник
Генетические связи. Наследственность и здоровье. Домашний медицинский справочник
В книге содержатся сведения о наследственности и ее влиянии на физические особенности и здоровье человека, о системах и органах человеческого тела, их функционировании, о причинах возникновения, симптомах, способах лечения и предупреждения многочисленных болезней как наследственного, так и иного происхождения. В книге имеется словарь медицинских терминов и библиография, а также специальные приложения, с помощью которых каждый читатель сможет составить свою медицинскую родословную. Книга сочетает в себе научную точность и информативность с краткостью и популярностью изложения, что делает ее интересной и полезной для широкого круга читателей....

Цена:
639 руб

Менделизм и философские проблемы современной генетики
Менделизм и философские проблемы современной генетики
В книге на основании обобщения большого фактического материала излагается учение Менделя и показываются важнейшие этапы развития генетической теории, освещаются основные методологические и философские проблемы менделизма, их значение и дальнейшее развитие в современной генетике.
Особое значение авторами придается философскому исследованию общих принципов и методов генетического анализа, выяснению его эвристических возможностей и применимости новых методов исследования к современной генетике....

Цена:
244 руб

Феодосий Добжанский Генетика и происхождение видов Genetics and the Origin of Species
Генетика и происхождение видов
Изданная в США в 1937 г. книга Феодосия Григорьевича Добжанского "Генетика и происхождение видов", по общему признанию, впервые осуществила синтез генетики и эволюционного учения. Книга трижды была переиздана в США (1937, 1941, 1951 гг.), но никогда не издавалась в России. Ф.Г.Добжанский сложился как биолог-эволюционист в России, в первую очередь в Ленинградском университете, где он работал на кафедре генетики под руководством профессора Ю.А.Филипченко. В своей книге он широко использовал достижения российской науки первой трети XX века. Этот классический труд Ф.Г.Добжанского на русском языке наглядно представляет достижения отечественных ученых на фоне мировой науки того времени и показывает, как были заложены основы того направления, которое получило название синтетическая теория эволюции....

Цена:
869 руб

Р. М. Хаитов, Л. П. Алексеев, Д. Ю. Трофимов Иммуногеномика и генодиагностика человека
Иммуногеномика и генодиагностика человека
В национальном руководстве представлены данные об истории развития, современном состоянии и перспективных достижениях в области структуры, функции и иммунобиологической роли генов иммунного ответа (ГИО), и в первую очередь генов главного комплекса тканевой совместимости человека HLA и их протеомных продуктов. Рассмотрены их иммунологические и общебиологические функции. Приведены данные о роли ГИО человека в обеспечении развития основных направлений здравоохранения - репродуктологии, клинической трансплантологии, противоинфекционной защиты, чувствительности и устойчивости к аутоиммунным и онкологическим заболеваниям и воздействию радиации. Отражена роль генетического и межпопуляционного полиморфизма ГИО человека в поддержании гомеостаза организма и обеспечении выживания человека как вида. Содержащийся в книге материал фундаментальных исследований ГИО человека и их практического использования основан на анализе мировой и отечественной литературы и собственных данных.

Книга предназначена для научных сотрудников, врачей, аспирантов, ординаторов, студентов медицинских и биологических вузов и специалистов, получающих постдипломное образование....

Цена:
1212 руб

Некоторые проблемы современной генетики
Некоторые проблемы современной генетики
В книге рассмотрены вопросы регуляции структурного мутагенеза и проблемы генетического мониторинга, современное понимание центровой теории гена, которую создали русские исследователи 60 лет назад. Анализируется действие малых доз химических мутагенов и радиации на процесс появления генных и хромосомных мутаций....

Цена:
689 руб

Эволюция генома
Эволюция генома
В книге ученых из СССР, Англии, США, ФРГ и других стран приведены современные представления о путях эволюции генома, эволюции "семейств" генов, структуре клеточного ядра, механизмах адаптации, о роли эволюции генетического аппарата в образовании видов.
Предназначена для молекулярных биологов, биохимиков, генетиков, эволюционистов....

Цена:
315 руб

Беседы по биологии пола
Беседы по биологии пола
Читатели, не обладающие специальной биологической подготовкой, вниманию которых эта книга предназначена в первую очередь, найдут в ней ответы на следующие основные вопросы: почему каждый из нас родился представителем именно данного, а не другого, противоположного пола; почему на каждую тысячу девочек рождается столько же мальчиков у человека, на каждую тысячу самок рождается столько же самцов у животных подавляющего большинства видов, размножающихся половым путем; отчего некоторые близнецы бывают настолько похожи друг на друга, что даже мать не в состоянии их различать без специальных опознавательных предметов; можно ли искусственно регулировать пол потомства по желанию, достигнуты ли в этом направлении какие-либо успехи в опытах на животных и какие последствия вытекали бы из попыток применения этого метода к человеку....

Цена:
100 руб

2007 Copyright © GenDNA.ru Мобильная Версия v.2015 | PeterLife и компания
Пользовательское соглашение использование материалов сайта разрешено с активной ссылкой на сайт. Партнёрская программа.
Яндекс.Метрика Яндекс цитирования