ЛЕКЦИИ: ВВЕДЕНИЕ В ФИЗИКУ БЕЛКА
 



Лекция 16

           Ранее мы рассматривали стабильность фиксированных, "твердых" белковых структур. Но  —  при определенных внешних условиях  —  самой стабильной может оказаться не твердая, а расплавленная или даже развернутая форма белковой молекулы. Тогда белок "денатурирует", теряет свою нативную, "рабочую" структуру.
           Обычно денатурация белка наблюдается in vitro, при воздействии на него аномальной температуры или денатуранта [мочевины, H+ или OH—  ионов (т.е. аномального рН) и т.д.]. Однако распад "твердой" структуры белка и затем ее повторная самоорганизация происходит и в живой клетке  —  что играет важную роль, например, в процессе транспорта белков через мембраны.
           Денатурация и ренатурация глобулярных белков in vitro  —  объект интенсивных исследований, интерес к которым поддерживается их связью с проблемой самоорганизации белка, т.е. с вопросом о том, как белковая цепь находит свою уникальную структуру среди гигантского числа возможных альтернатив. Сегодня я практически не буду касаться кинетических аспектов денатурации и самоорганизации белков и сосредоточусь на термодинамических и структурных аспектах этих явлений.
           Больше всего изучены водорастворимые глобулярные белки, и именно о них я буду рассказывать.

           Что показывает эксперимент?
           Твердо установлено, что денатурация малых белков является кооперативным переходом с одновременным и резким, "S-образным" изменением многих (хотя порой и не всех) характеристик молекулы (Рис.16-1). S-образность экспериментальных кривых показывает, что соответствующие характеристики молекулы меняются от тех, что характерны для нативного белка, до тех, что характерны для белка денатурированного; а узость этих S-образных кривых свидетельствует о кооперативности перехода, т.е. о том, что он охватывает сразу много аминокислотных остатков.
     
     
    а б

           Рис.16-1. Денатурация белка сопровождается резким, "S-образным" изменением многих характеристик молекулы. (а) Синхронное изменение КД () [длина волны  —  220 нм] и флуоресценции () при денатурации фосфоглицераткиназы в растворе гуанидингидрохлорида. (б) Электрофорез цитохрома с при разных концентрациях мочевины: замедление миграции вызвано разбуханием молекулы при денатурации. Картинки взяты из [6].
     


           Более того: денатурация белка происходит как переход типа "все-или-ничего" (Рис.16-2).
     
     
           Рис.16-2. Калориметрическое исследование тепловой денатурации лизоцима при разных рН. Положение пика удельной теплоемкости (Ср) определяет температуру T0, его ширина  —  ширину перехода DT, площадь под пиком  —  поглощенное при плавлении тепло DН в расчете на грамм белка. То, что они удовлетворяют условиям (16.4), (16.5), свидетельствует, что денатурация происходит как переход типа "все или ничего". Увеличенная теплоемкость денатурированного белка  —  следствие увеличения поверхности контакта его гидрофобных боковых групп с водой при (частичном или полном) разворачивании белка. Картинка взята из P.L.Privalov & N.N.Khechinashvili, J. Mol. Biol. (1974) 86:665-684.

     

           Последнее (вы должны это помнить) означает, что при таком переходе только начальное (нативное) и конечное (денатурированное) состояние наблюдаются в заметных количествах (Рис.16-3), а "полуденатурированных" молекул практически нет. [Хотя, конечно, они тоже должны быть, пусть в мизерном количестве,  —  ведь не переходит же одно состояние в другое при помощи нуль-транспортировки; но наличие "полусвернутых" структур отражается только на кинетике перехода, разговор о которой еще впереди.] Иначе говоря, переход "все-или-ничего" является микроскопическим аналогом фазового перехода первого рода в макроскопических системах (например  —  плавления кристалла). Однако  —  в отличие от истинного фазового перехода  —  S-образность перехода "все-или-ничего" имеет не нулевую, а конечную ширину, так как этот переход охватывает не макроскопическую, а микроскопическую, очень небольшую систему.
     
     

           Рис.16-3. При одном и том же виде зависимости энергии Е (или другого наблюдаемого параметра) от температуры, кооперативный ("S-образный") переход может быть и переходом типа "все-или-ничего" (пример: денатурация белка), и постепенным, "безродным" (пример: переход спираль-клубок в полипептидах). Различия проявляются не в виде кривой Е(Т), а в функции распределения W(E) молекул по энергии (или по другому наблюдаемому параметру). Пунктирные линии на левом рисунке поясняют графическое определение DT, температурной ширины перехода.
     
     

           Как было экспериментально показано, что денатурация небольших белков подчиняется принципу "все-или-ничего"  —  об этом чуть позже, а пока уместно уточнить, что денатурация типа "все-или-ничего" относится к небольшим глобулярным белкам и отдельным доменам крупных белков, а денатурация больших глобулярных белков, как показывают многочисленные опыты, слагается из плавления входящих в них доменов.

           Может ли денатурированный белок ренатурировать и обрести свою нативную структуру? То есть  —  обратима ли его денатурация?
           Да (это известно со времен опытов Анфинсена в 60-х гг.; кстати, за них он получил Нобелевскую премию),  —  если белок не слишком велик и не подвергался сильной химической модификации после сворачивания in vivo: тогда "мягко" (без разрыва цепи) разрушенная температурой, денатурантом и т.д.  —  архитектура белка спонтанно восстанавливается при "нормализации" среды. Правда, эффективная ренатурация in vitro нуждается в тщательном подборе экспериментальных условий  —  иначе ей может воспрепятствовать выпадение из раствора и/или агрегация (межмолекулярная, а для больших белков  —  видимо, и внутримолекулярная агрегация отдаленных кусков цепи: известно, что способность к ренатурации и ее "выход" обычно падают, а экспериментальные сложности  —  растут с увеличением размера белка).
           Обратимость денатурации белка чрезвычайно важна: она показывает, что нативная структура белка (строго говоря: не модифицированного небольшого белка)  —  равновесна и стабильна; и эта обратимость позволяет применять термодинамику для описания и изучения такого перехода.

           Тот фундаментальный факт, что денатурация белка происходит как переход типа "все или ничего" был показан П.Л.Приваловым, работавшим в нашем Институте белка. Он изучал тепловую денатурацию белка, которая обычно сопровождается большим тепловым эффектом, ~1 ккал на моль аминокислотных остатков.

           Как доказывается, что плавление белковой молекулы  —  переход типа "все или ничего"? Для этого недостаточно показать существование пика теплоемкости (или, что есть то же самое,  —  что энергия белка S-образно зависит от температуры). Все это свидетельствует только о резкости перехода, но ничего не говорит о том, плавится ли белок целиком или по частям. Чтобы доказать, что плавление белка  —  переход типа "все или ничего", нужно сравнить (1) "эффективную теплоту" перехода, вычисляемую из его ширины, с (2) "калориметрической теплотой" этого перехода, т.е. с количеством тепла, поглощаемым одной молекулой белка в процессе плавления. Совпадение этих двух независимых величин показывает, что молекула плавится как единое целое.
           Это и есть "критерий Вант-Гоффа" для наличия перехода типа "все или ничего". Ввиду его важности  —  рассмотрим этот критерий внимательно.

           "Эффективная теплота" перехода, следующая из его ширины, есть количество тепла, поглощенного одной независимой "единицей плавления". Если эффективная теплота перехода меньше калориметрической  —  "единица плавления" меньше, чем сама молекула, т.е. молекула плавится по частям. Если эффективная теплота перехода больше калориметрической  —  "единица плавления" больше молекулы, т.е. плавится не одна молекула белка, а какой-то их агрегат.
           Как связана эффективная теплота перехода с его шириной? Рассмотрим "единицу плавления", которая может находиться в двух состояниях: "твердом", с энергией Е и энтропией S, и "расплавленном", с энергией Е' и энтропией S'. Пусть, для простоты, E, Е', S и S' не зависят от температуры Т (рассмотрение более общего случая я предоставляю читателю...).
           Так как состояний  —  всего два, то из формулы Больцмана легко видеть, что вероятность пребывания "единицы плавления" в расплавленном состоянии есть
     
    PРАСПЛ = exp[-(E'-TS')/kT] / { exp[-(E-TS)/kT] + exp[-(E'-TS')/kT] } = 

    1 / { exp[(DE-TDS)/kT] + 1 }, 

    (16.1)

    где DE=E'-E, DS=S'-S. Вероятность пребывания "единицы плавления" в твердом состоянии есть (для перехода "все-или-ничего") PТВ = 1-PРАСПЛ. Производная dPРАСПЛ/dT показывает, как быстро меняется PРАСПЛ с температурой. Простое вычисление (с использованием уже известной нам формулы d(F/T)/dT = d[(E-TS)/T]/dT = -E/T2) показывает, что
     
    dPРАСПЛ/dT = PРАСПЛ (1-PРАСПЛ) (DE/kT2). (16.2)

           Пожалуй, надо расписать здесь все преобразования подробнее, чтобы не принимать на веру, а понимать. Обозначим (DE-TDS)/kT через X. Тогда dX/dT = -DE/kT2, PРАСПЛ = 1/(eX+1), PТВ = 1-PРАСПЛ = eX/(eX+1), и

           dPРАСПЛ/dT = d[1/(eX+1)]/dT = - [1/(eX+1)2] x [deX/dT] = - [1/(eX+1)2] x eX x [dX/dT] =

           = - [1/(eX+1)] x [eX/(eX+1)] x [dX/dT] = PРАСПЛ (1-PРАСПЛ) x (-dX/dT) = PРАСПЛ (1-PРАСПЛ) (DE/kT2)

           Точка середины перехода  —  точка самого быстрого изменения PРАСПЛ, т.е. максимум производной dPРАСПЛ/dT  —  падает на температуру Т0, где PРАСПЛ=PТВ = 1/2. В этой точке величина PРАСПЛ x (1-PРАСПЛ) проходит через максимум, равный 1/4. Здесь наклон кривой PРАСПЛ(Т) максимален и равен
     
    (dPРАСПЛ/dT)|T=To = (1/4) DE/kT02. (16.3)

           Графическое определение ширины перехода показано на Рис.16-3, слева. Оно делается путем линейной экстраполяции максимального наклона кривой PРАСПЛ(Т) до пересечения с базовыми прямыми, соответствующими нативному (PРАСПЛ=0) и денатурированному (PРАСПЛ=1) состояниям. В зоне перехода экстраполированная (пунктиром) величина PРАСПЛ |экстрап. меняется от 0 до 1 (то есть DPРАСПЛ |экстрап. = 1), а температура меняется на DT. Значит (dPРАСПЛ/dT)|T=To = DPРАСПЛ |экстрап./DT = 1/DТ,  —  то есть DТ определяется (см. Рис.16-3) зоной самого крутого подъема величины PРАСПЛ  —  или, в общем виде, шириной зоны резкого изменения любого экспериментального параметра, определяющегося вероятностью расплавленного состояния (например, шириной зоны резкого изменения спиральности белковой цепи).
           В окончательной форме, связь эффективной теплоты плавления "плавящейся единицы" (DE) с шириной (DT) и температурой (T0) перехода имеет вид 1/DT = (1/4) DE/kT02, или
     
    DE = 4kT02/DT. (16.4)

           Рассчитанная таким образом  —  только из наблюдаемой формы перехода —  теплота DE денатурации "единицы плавления" сравнивается с калориметрической теплотой плавления целого белка (рассчитываемой как DH/N, где DH количество тепла, поглощенного всеми имеющимися в калориметре N молекулами белка). Если
     
    DE = DH/N (16.5)

     —  значит, плавление целого белка является переходом типа "все или ничего". Это и есть "критерий Вант-Гоффа".
           Если DE < DH/N (т.е. если ширина перехода DT больше, чем того требует критерий Вант-Гоффа),  —  то "единица плавления" меньше, чем весь белок, т.е. он плавится по частям. Если DE > DH/N,  —  то "единица плавления" больше белка, т.е. плавится как целое не одна молекула белка, а какой-то белковый агрегат.

           Разрушение структуры белка при повышении температуры  —  плавление  —  выглядит естественно; однако существует и "холодовая" денатурация белка при аномальном понижении температуры (Рис.16-4). Правда, для многих белков такая денатурация не наблюдается, так как вода в приборе успевает замерзнуть раньше...
     
     
           Рис.16-4. Обратимая "холодовая" денатурация белка (апомиоглобина) при аномальном понижении температуры (нижняя кривая; стрелка показывает, что температура в ходе опыта понижается). Верхняя кривая показывает ренатурацию белка (левый пик) при обратном повышении температуры и его дальнейшую денатурацию (правый пик). Кривые относятся к избыточной теплоемкости раствора белка по сравнению с теплоемкостью растворителя; они не отнормированы на количество белка в растворе. Картинка взята из Yu.V.Griko, P.L.Privalov, S.Yu.Venyaminov & V.P.Kutyshenko, J. Mol. Biol. (1988) 202:127-138.

     

           Трудами лаборатории Привалова, где "холодовая" денатурация была впервые обнаружена, было показано также, что она  —  как и обычная тепловая денатурация  —  происходит как переход типа "все или ничего".
           Причина "холодовой" денатурации кроется в том, что гидрофобные взаимодействия, которые держат белок компактным, сильно растут с температурой  —  то есть сильно падают с ее понижением. Рост гидрофобных эффектов  —  и, в частности, их энергии  —  с температурой проявляется в относительно высокой теплоемкости денатурированного, менее компактного состояния белка (см. DCpd на Рис.16-2). В результате теплота плавления белка сильно растет с температурой  —  и падает с понижением температуры (Рис.16-2, 16-5а). Падает до того, что может изменить знак при низких температурах (Рис.16-5а)! То есть если обычно более упорядоченная структура (нативный белок) имеет более низкую энергию, чем менее упорядоченная (денатурированный белок)  —  то при аномально низких температурах (~10оС и ниже) энергия нативного белка может быть выше, чем денатурированного. То же самое, однако, происходит и с энтропией денатурации: она, как и положено энтропии гидрофобного эффекта, тоже падает с падением температуры. В результате стабильность белка (разность свободных энергий его нативной и денатурированных форм) проходит через максимум при "комнатных" или нулевых температурах,  —  и начинает падать при более значительном охлаждении (Рис.16-5б). При этом иногда стабильность белка падает до того, что при аномально низкой (с точки зрения физиологии: ~0оС и ниже) температуре белок разваливается. Правда, обычно дело до этого не доходит, т.к. вода с белком замерзает, и все процессы крайне замедляются (что позволяет хранить белок на холоду).
           Парадоксально, но при холодовой денатурации дело обстоит в точности так, как при кипении воды. Как известно, кипения можно добиться двумя путями  —  либо подняв температуру, либо понизив внешнее давление. Гидрофобное давление, сжимающее белковую цепь, сильно падает при уменьшении температуры  —  и белок может "закипеть".
           Кстати, действительно "закипеть",  —  если при повышении температуры белок как бы "плавится", то есть его объем растет не слишком сильно, то при холодовой денатурации белковая цепь совершенно разворачивается и занимаемый ею объем растет многократно.
     
     
    а б

           Рис.16-5. Изменение удельной (на грамм белка) разности энергий нативного и денатурированного состояний белка с температурой (а), и изменение свободных энергий в расчете на моль белковых молекул (б). Картинки взяты из P.L.Privalov & N.N.Khechinashvili, J. Mol. Biol. (1974) 86:665-684.
     
     

           Это естественно подводит нас к вопросу о том, как выглядит денатурированный белок.

           Многочисленные термодинамические опыты показывали, что в области денатурированного состояния белковой молекулы в ней нет никаких кооперативных структурных превращений. Поэтому первоначально полагали, что денатурированный белок всегда является очень рыхлым клубком (каковым он, действительно, является в хороших растворителях типа концентрированных растворов мочевины).
           Однако столь же многочисленные структурные исследования денатурированных белков упорно свидетельствовали о каких-то крупных перестройках в рамках денатурированного состояния, о каких-то "промежуточных" структурных состояниях между полностью развернутой (клубковой) и нативной формами молекулы (Рис.16-6).
           Вообще, экспериментальные данные о состоянии белковой молекулы после денатурации были очень противоречивы. В одних случаях белки казались полностью "развернутыми" и бесстуктурными, в других  —  довольно структурированными и/или компактными, а для их полного разворачивания нужны были сильные растворители.
     
     
           Рис.16-6. Фазовая диаграмма (Танфорд, 1968) конформационных состояний лизоцима при рН 1.7 в растворе гуанидингидрохлорида при различных температурах. N  —  нативное состояние, RC  —  клубок ("random coil"), HD  —  температурно-денатурированное состояние. Жирная линия показывает середину перехода, пунктир  —  зону перехода (по Танфорду: предположительно, от соотношения 9:1 в пользу одного состояния до 1:9 в пользу другого). Картинка взята из C.Tanford, Adv. Prot. Chem. (1968) 23:121-218.

     

           Разобраться в этой противоречивой картине удалось только, исследуя структуры денатурированных белков целым букетом методов. В этот букет входили и измерения вязкости (дающие объем молекул белка), и спектры КД в дальнем ультрафиолете (отражающие вторичную структуру белка), и спектры КД в ближнем ультрафиолете (отражающие асимметрию, т.е. упорядоченность окружения ароматических боковых групп),  —  а также и инфракрасная спектроскопия, и ЯМР, и исследование активности белков, и многое другое. Весь этот арсенал и был применен к исследованию денатурации белков группой О.Б.Птицина, куда и я имел честь принадлежать в качестве теоретика.
           Оказалось, что, кроме активности белка, есть только две вещи, которые всегда резко меняются при денатурации. Это  —  (1) упорядоченность окружения боковых групп белка, наблюдаемая как по КД в ближнем ультрафиолете (Рис.16-7а), так и при помощи ЯМР, и (2) фиксированность глобулярной структуры, наблюдаемая  —  посредством ЯМР  —  по скорости обмена водородов (Н) полярных групп белка на дейтерий (D) окружающей воды, а также по ускорению протеолиза белковой цепи.
     
     
    a б

           Рис.16-7. Спектры КД в ближнем (а) и дальнем (б) ультрафиолете для нативного a-лактальбумина () и для него же, денатурированного теплом (), кислотой () и сильным денатурантом (). Спектры КД в ближнем УФ всегда сильно меняются при денатурации. Спектры КД в дальнем УФ сильно меняются только при сильном разворачивании белка (см. кривую ). Картинки взяты из D.A.Dolgikh, L.V.Abaturov, I.A.Bolotina, E.V.Brazhnikov, V.E.Bychkova, V.N.Bushuev, R.I.Gilmansin, Yu.O.Lebedev, G.V.Semisontov, E.I.Tiktopulo & O.B.Ptitsyn, Eur. Biophys. J. (1985) 13:109-121.
     
     

           Степень же упорядоченности главной цепи белка (ее вторичная структура), размеры глобулы и даже плотность ее гидрофобного ядра могут как практически сохраняться, так и меняться очень сильно (Рис.16-7б).

           В ходе этих исследований был обнаружен весьма универсальный интермедиат разворачивания (и сворачивания) белков, позже названный "расплавленной глобулой" (Рис.16-8, 16-9). Важнейшие свойства этого интермедиата суммируются Таблицей 16/1.
     
     
           Рис.16-8. Относительное изменение спектров КД a-лактальбумина в ближнем ( 270 нм) и в дальнем ( 224 нм) ультрафиолете с изменением концентрации денатуранта (гуанидингидрохлорида). fd=1 отвечает сигналу от нативной структуры, fd=1  —  от полностью денатурированной молекулы. "Промежуточное состояние" существует между первым и вторым переходом. В области, отвечающей примерно 2 молям гуанидин-гидрохлорида, все молекулы белка существуют (как показало их дальнейшее исследование) в виде "расплавленных глобул". Картинка взята из W.Pfeil, V.E.Bychkova & O.B.Ptitsyn, FEBS Letters (1986) 198:287-291.
           Рис.16-9. Схематическая модель нативной и расплавленной глобулы в молекуле белка. Для простоты, на рисунке показаны только две a-спирали, соединенные петлей. Каждая вторичная структура покрыта множеством боковых групп; прошитая водородными связями, вторичная структура стабильна (так что свободная энергия внутримолекулярных водородных связей не меняется), пока проникающий внутрь растворитель не "растворит" всю глобулу. Вода обычно не способна это сделать без добавления денатуранта. Входящие в гидрофобное ядро белка боковые группы заштрихованы. В расплавленной глобуле они обретают свободу движений, выигрывают энтропию, но теряют энергию плотного контакта. Так в глобуле возникают пoры, куда вода () проникает, не разваливая расплавленную глобулу.

     



           Для очень многих (хотя и не для всех) белков "расплавленная глобула" появляется (путем перехода "все-или-ничего") при умеренном денатурирующем воздействии на нативный белок и исчезает (превращается в неупорядоченный клубок) лишь с добавлением концентрированного денатуранта. "Расплавленная глобула" обычно не плавится при дальнейшем нагреве, но ее разворачивание в клубок сильным растворителем выглядит как кооперативный S-образный переход.
           Некоторые нативные белки, однако, разворачиваются прямо в клубок, минуя стадию расплавленной глобулы.
           Противоречивость результатов структурных и термодинамических исследований денатурации белков, а также физическая природа нового фазового состояния белков  —  состояния "расплавленной глобулы"  —  требовали теоретического осмысления.

           Для понимания природы состояния расплавленной глобулы важно, что получается из нативного состояния путем кооперативного температурного плавления  —  фазового перехода первого рода. Это означает, что оно обладает значительно большей энтальпией и энтропией, чем нативное состояние, то есть что внутримолекулярные взаимодействия в нем резко ослаблены, а подвижность белковой цепи  —  резко увеличена. Так как большинство внутренних степеней свободы в белке связано с мелкомасштабными флуктуациями структуры, и прежде всего с движениями боковых групп, именно раскрепощение таких флуктуаций может сделать состояние расплавленной глобулы термодинамически выгодным. Однако раскрепощение мелкомасштабных флуктуаций не требует полного разворачивания белковой цепи  —  достаточно лишь ее небольшого набухания. При этом, однако, в белке резко ослабляется Вандерваальсово притяжение: оно сильно зависит от расстояния и даже небольшого увеличения размеров молекулы достаточно для его значительного ослабления (Рис.16-9).
           В общем, здесь все похоже на плавление кристалла: небольшой рост его объема рвет часть Вандерваальсовых взаимодействий в нем и раскрепощает движения молекул.

           "Расплавленная глобула" послужила и ключом к пониманию кооперативности денатурации белка. Оказалось, что этот процесс качественно отличается от переходов глобула-клубок в "нормальных" полимерах.

           Дело в том, что как эксперименты с гомополимерами (крайне трудные: из-за угрозы агрегации их приходится проводить при предельно низких концентрациях полимера), так и физические теории гомополимеров и статистических гетерополимеров (не "отобранных", как белки, а "нормальных", т.е. "случайных") расходились с тем, что наблюдается в белках.
           Они все говорили, что разрушение плотной глобулы в полимерах должно начиниться постепенно, и до самого (или почти до самого) конца идти без резкого скачка плотности молекулы, связанного с переходом одной фазы ("глобула") в другую ("клубок"), что к моменту превращения глобулы в клубок она уже становится очень рыхлой, и что эти две фазы различаются в основном масштабом флуктуаций плотности молекулы (малым  —  в глобуле, и большим  —  в клубке),  —  то есть что этот переход совсем не похож на фазовый переход первого рода  —  скажем, на испарение. А денатурация белка похожа как раз на плавление или испарение твердого тела.

           Несмотря на то, что классическая теория переходов глобула-клубок в гомополимерах не применима к денатурации белков,  —  я считаю не лишним рассказать о ней  —  естественно, в самой упрощенной форме. Такой рассказ, с одной стороны, позволит мне позже оттенить то, что существенно именно для белковых, "отобранных" цепей, а не просто для полимеров. С другой стороны  —  эта теория вполне применима к поведению уже денатурированных белковых молекул. И, наконец, я считаю, что знание базовых физических моделей необходимо для общей культуры.
           Я рекомендую вам "поверять слова формулами" при чтении дальнейшего текста. Конечно, проще читать только слова, но они часто допускают неоднозначное толкование; так что, поверяя слова формулами,  —  вы сами проверите свое понимание.

           Итак, я рассмотрю простейшую "полимерную" модель,  —  много (N>>1) одинаковых и связанных в цепь мономеров ("бусинок"). И я сравню ее с простейшей моделью, используемой со времен Ван дер Ваальса (XIX век!) для описания переходов газ-жидкость  —  с "облаком мономеров", т.е. с совокупностью из N таких же, но не связанных в цепь мономеров (Рис.16-10).
     
     

    Облако мономеров Полимерная цепь
    T1  <  T2  <  T3  <  T4

           Рис.16-10. Качественное сравнение поведения зависимости энергии DЕ, энтропии DS и свободной энергии DF=DЕ-TDS добавления одного мономера от плотности r для двух систем: "облако мономеров" и "полимерная цепь". Графики для энергий приведены для притягивающихся (e<0) мономеров. Зависимости DF от r показаны для разных температур Т. На дополнительных графиках (внизу) показана качественная зависимость плотности r обеих систем от энергии взаимодействия мономеров, выраженной в единицах kT; графики относятся к невысокому внешнему давлению [при очень высоком, "надкритическом" давлении разреженных (с r<0.5) состояний не существует].
     
     

           Предварительное замечание. Ниже я буду считать, что мономеры притягиваются (иначе слишком скучно: плотная фаза не образуется, и все), и что интенсивность этого притяжения не зависит от температуры, т.е. что оно имеет чисто энергетическую природу. Последнее часто неверно, так как мономеры плавают в растворителе (вспомните о гидрофобном эффекте: он растет с температурой!), но так легче найти и рассмотреть все основные сценарии возможных фазовых превращений. А потом уже можно усложнить задачу  —  учесть зависимость "энергии" притяжения от температуры  —  и указать, когда, при каких температурах, какой из этих сценариев реализуется.

           Сначала я хочу дать качественную картину и объяснить, почему "облако" может претерпевать скачок из плотной в разреженную фазу, а полимер  —  не может, т.е. почему он должен сгущаться постепенно.

           Чем жизнь мономера в полимере отличается от его жизни в облаке? Тем, что в полимере он не может далеко отойти от своего соседа по цепи; а в облаке он может отлететь от любого другого мономера куда угодно  —  пока не наткнется на стенку сосуда.
           Почему из мономеров образуется плотная фаза  —  будь то жидкость (если мономеры не связаны цепью) или глобула (если связаны)? Потому, что мономеры притягиваются друг к другу, и  —  при низкой температуре, когда роль энтропии падает (вспомните: в свободной энергии F=E-TS энергия E сравнивается с энтропией умноженной на температуру)  —  энергия притяжения побьет любое желание мономеров рассредоточится по пространству и выиграть энтропию. Побьет всегда  —  кроме одного случая: когда такое рассредоточение приведет к практически бесконечно большому энтропийному выигрышу. А последнее возможно тогда, когда облако мономеров помещено в очень большой объем. И вот здесь-то мономерам этого облака приходиться выбирать между двумя фазами: либо быть каплей (низкая энергия, но и малая энтропия), либо быть разреженным газом (ничтожная энергия,  —  но зато очень большая энтропия: летай, где угодно!). А вот промежуточные состояния  —  с не очень низкой энергией и с невысокой энтропией  —  будут иметь более высокую свободную энергию, и потому не будут стабильны. Так что стабильной  —  при низкой температуре  —  будет либо очень плотная фаза облака, либо очень разреженная,  —  но не нечто рыхлое. Иначе говоря,  —  при изменении внешних условий (скажем, при повышении температуры) в "облаке мономеров" может наблюдаться резкое испарение плотной фазы.
           Так обстоит дело в "облаке". А в полимере? Не так,  —  потому что в самой разреженной глобуле мономер никак не может далеко отойти от своего соседа по цепи,  —  то есть его энтропия в самом разреженном клубке никогда не превзойдет какого-то предела и не сможет (при низкой температуре) конкурировать с энергией, выигрываемой при сжатии глобулы. Так что полимеру не из чего выбирать: при низкой температуре быть ему только сжатым в глобулу, и, значит,  —  в отличие от "облака"  —  он не может претерпеть скачок из плотной в разреженную фазу. То есть при изменении внешних условий (скажем, температуры) возможно только постепенное разрыхление (или уплотнение) полимерной глобулы, но никак не ее резкое "испарение".

           Теперь повторим то же самое на языке формул.
           Сравним "облако" из N мономеров, помещенных в объем V, с глобулой того же объема, образованной цепью из также N мономеров. Считая, что мономеры и "облака", и полимера более или менее равномерно распределены по объему  —  добавим к каждой из этих систем еще один мономер и посмотрим, как зависит свободная энергия этого мономера (или, как говорят, его химический потенциал) от плотности системы.
           Рассмотрим сначала энергию мономера в каждой системе  —  точнее, ту ее часть, что зависит от плотности, т.е. от взаимодействия ковалентно не связанных звеньев.
           В обоих случаях энергия системы (и полимера, и "облака") меняется  —  при добавлении мономера  —  на одну и ту же величину. Она меняется на величину энергии взаимодействий добавленного мономера, DE=er, где r=N w/V  —  удельная плотность системы, т.е. доля ее объема V, занятая N мономерами (с объемом w у каждого), а e  —  энергия всех взаимодействий мономера в предельно сжатой системе (при r=1). Мы будем считать, что e<0, т.е. что мономеры притягиваются.
           Итак, энергии меняются одинаково  —  а вот энтропии полимера и облака мономеров меняются по-разному.
           В "облаке" одному мономеру предоставлен объем V/N. Точнее,  —  так как прочие мономеры занимают объем Nw ,   —  свободный объем для мономера в "облаке" составляет
     
    V1обл = (V - N w)/N = (V/N)(1 - r) = (w/r)(1 - r). (16.6)

    Обратите внимание, что этот объем неограниченно велик при стремлении плотности r к 0.
           Не то в полимере. Здесь "новому" мономеру доступен лишь ограниченный объем
     
    V1поли = W(1-r) , (16.7)

    причем объем W ограничен связью мономера с предшествующим звеном цепи, а фактор (1-r), как и раньше, учитывает, что прочие звенья занимают часть r всего объема.
           Результат: изменение энтропии при добавлении одного мономера к "облаку" составляет
     
    DSобл = k ln[V1обл]= k ln[(w/r)(1-r)], (16.8)

    а к цепи -
    DSполи = k ln[V1поли]= k ln[W(1-r)]. (16.9)

           Графики зависимости этих функций от плотности r ведут себя сходно в районе r ® 1 (где в DS доминирует член ln(1-r), так что обе DS падают при 1), но совсем по-разному при 0. Если DSполи остается конечной, то DSобл неограниченно растет (из-за члена w/r).
           Поэтому для "облака" существует два минимума величины DF=DE-ТDS, т.е. две области потенциально стабильных состояния при низких температурах Т (газ  —  при малых r, за счет члена -ТDS, и жидкость  —  при больших r, за счет члена DE). А при высоких температурах для "облака" существует только одно стабильное состояние (газ  —  за счет члена -ТDS).
           В то же время для полимера, где энтропия не становится бесконечно высокой при 0, существует  —  при всех температурах  —  только один минимум величины DF. При совсем низких температурах (или, точнее, при больших значениях величины -e/kT) этот минимум приходится на 1, что соответствует плотному глобулярному состоянию. Потом он постепенно смещается в сторону низких плотностей (что соответствует все более рыхлым глобулярным состояниям),  —  и, наконец, при какой-то температуре приходит к плотности r=0, и все (Рис.16-10). При этой нулевой плотности r и происходит окончательный переход глобулы в клубок. Как вы видите, весь этот процесс нигде не сопровождается ни скачком плотности, ни расслоением на две фазы. А раз нет расслоения на фазы  —  нет и перехода типа "все-или-ничего", т.е. нет фазового перехода I рода. Можно показать, что при r=0 происходит фазовый переход II рода (что и было сделано И.М.Лифшицем), но мы эти заниматься не будем.

           Итак, классическая теория переходов "глобула  —  клубок" не может объяснить плавление белка.
           Она говорит, что глобула расширяется постепенно, и что клубок возникает вовсе не путем фазового перехода первого рода,  —  а денатурация белков, этих "апериодических кристаллов" Шредингера, происходит при больших плотностях глобулы и напоминает именно разрушение кристалла,  —  фазовый переход I рода.
           Удивительно также, что денатурация белка,  —  гетерогенной системы, где каждый атом, тем не менее, сидит на своем месте,  —  идет просто как резкий фазовый переход первого рода: в обычных молекулярных системах гетерогенность смазывает переход.

           Чтобы понять денатурацию белка, надо учесть его основные (по сравнению с "просто полимером") особенности,  —  то, что нативный белок упакован плотно, как кристалл; и то, что в белковой цепи подвижные боковые группы сидят на жесткой главной цепи.

           Итак. Боковые группы способны к поворотной изомеризации  —  т.е. к резким прыжкам из одной разрешенной конформации в другую. Но для такого прыжка необходим определенный свободный объем вблизи "прыгающей" боковой группы. Боковые же группы, слагающие гидрофобное ядро белка, сидят на жесткой (в особенности из-за наличия a-спиралей и b-листов, необходимых, как мы видели, для создания ядра) главной цепи (Рис.16-9, 16-11). А жесткие эти сегменты перемещаются как целое, со всем своим лесом боковых групп. Поэтому расширение глобулы, т.е. расхождение этих сегментов, создает примерно одинаковый свободный объем вблизи каждой боковой группы,  —  и он либо недостаточен для изомеризации каждой из них (пока глобула расширилась мало), либо достаточен для поворотной изомеризации многих. Так что освобождение боковых групп наступает лишь тогда, когда расширение глобулы превосходит некий порог, "барьер" (Рис.16-12).
     
     
           Рис.16-11. Схема упаковки боковых групп. Показан лишь маленький фрагмент ядра. Заштрихованная область W соответствует альтернативному ротамеру боковой группы (c  —  угол ее вращения); этот ротамер запрещен плотной упаковкой. Для его появления нужен дополнительный объем W » 303 (т.е. »1/5 объема среднего аминокислотного остатка).
           Рис.16-12. Причина существования свободно-энергетического барьера между нативным и любым денатурированным состоянием белка. "Барьерное" состояние возникает при небольшом расширении нативного. В этом состоянии поры в белке уже приводят к значительному повышению Вандерваальсовой энергии, но еще не позволяют ни поворотной изомеризации, ни проникновения воды () внутрь белка.

     

           Поэтому малое ("до-барьерное") расширение нативной глобулы всегда невыгодно  —  оно повышает ее энергию (т.к. части глобулы уже расходятся), но не повышает ее энтропию, так как еще не открывает поворотной изомеризации ее боковых групп. То есть свободная энергия глобулы растет при малом расширении. Наоборот, большое ("за-барьерное") расширение глобулы открывает поворотную изомеризацию и ведет (при достаточно высокой температуре) к падению ее свободной энергии. В результате денатурация белка при изменении внешних условий происходит не постепенно, а скачком,  —  по принципу "все или ничего".
           То есть белок, не меняясь, терпит изменение внешних условий до некоторого предела,  —  а потом плавится, как микроскопическое твердое тело, весь сразу. Такая устойчивость и твердость белка, в свою очередь, обеспечивает надежность его работы в организме.
           Иными словами, фазовый переход между нативным и денатурированным состояниями объясняется скачкообразным ростом энтропии (и прежде всего  —  энтропии боковых групп) при расширении глобулы (Рис.16-13), а его фазовый, кооперативный характер связан с тем, что боковые группы прикреплены к главной цепи и не могут раскрепощаться поодиночке.
     
     
     
           Рис.16-13. Причина наличия перехода "все-или-ничего" при денатурации белка. Энергия Е минимальна при плотной упаковке глобулы (здесь ее плотность r = 1) и монотонно растет при сжатии или расширении. Энтропия S растет с падением плотности r сперва медленно (при r = 1.0  —  0.8, пока боковые группы лишь колеблются, а их поворотная изомеризация еще невозможна), затем быстро (когда поворотная изомеризация начинает раскрепощаться), и затем (когда поворотная изомеризация уже свободна)  —  опять медленно. Неравномерный рост энтропии связан со следующим эффектом. Для поворотной изомеризации вблизи боковой группы должен быть свободный объем размером по крайней мере с СН3-группу. А так как боковая группа привязана к жесткой главной цепи, такой объем не может появиться у одной лишь группы,  —  он одновременно появится у многих. Поэтому и существует характерная ("барьерная") плотность глобулы, где энтропия начинает резко расти с расширением глобулы. Эта плотность довольно высока: »80% от нативной плотности, т.к. объем СН3-группы (характерной поворачивающейся единицы, см. Рис.16-11) составляет »20% объема аминокислотного остатка. В результате зависимость суммарной свободной энергии F=E-TS от плотности глобулы проходит через максимум ("барьер"), отделяющий нативную (плотноупакованную) глобулу (N) от любого более рыхлого денатурированного состояния (D). Из-за этого барьера денатурация белка и происходит по типу "все или ничего", независимо от дальнейшего состояния денатурированной молекулы.

     

           До открытия расплавленной глобулы денатурация белков обычно трактовалась как полное разрушение структуры и переход глобулы в клубок. После этого открытия стало ясно, что денатурированный белок может быть как довольно плотным, так и рыхлым  —  в зависимости от силы растворителя и гидрофобности цепи. Оценки показывают, что поры расплавленной глобулы (поры, необходимые для свободы движений боковых групп) заполнены растворителем, так как перенос молекулы воды в пру внутри белка термодинамически выгоден по сравнению с существовавшим там до того вакуумом. На опыте об этом свидетельствует ничтожность изменения парциального объема при денатурации белка. Но проникающему внутрь растворителю, если только он не слишком сильно притягивается прами (ведь они окружены в основном неполярными группами, слабо притягивающими воду),  —  ему удастся только заполнить поры уже существующие, но не удастся создать новые, не удастся разорвать оставшиеся в белке взаимодействия. Тогда он не сможет расширить глобулу  —  как вода не может растворить губку, хоть и заполняет ее поры,  —  и белок так и останется компактной расплавленной глобулой (причем "мокрой", насыщенной водой расплавленной глобулой). Компактность такой глобулы обеспечивается остаточными гидрофобными взаимодействиями. Если же растворитель сильно притягивается к порам (т.е. если или растворитель сильнее, или поры менее гидрофобны), то он начинает расширять поры, глобула начнет разбухать,  —  и тем сильнее, чем сильнее притяжение растворителя к белковой цепи, т.е. чем меньше выгоды находят звенья цепи в контакте друг с другом. По мере роста притяжения растворителя к белковой цепи она разбухнет до неупорядоченного клубка, и этот процесс как раз и описывается теорией переходов глобула-клубок, иллюстрируемой Рис.16-10.

           Иными словами: если белковая цепь достаточно гидрофобна, денатурированный теплом белок останется в состоянии расплавленной глобулы; если недостаточно  —  он развернется.

           Разворачивание расплавленной глобулы выглядит как кооперативный переход (Рис.16-8). Однако  —  является ли это разворачивание переходом типа "все-или-ничего"?
           Здесь пока нет полной ясности. Термодинамические исследования многих белков показывают, что, по всей видимости,  —  нет, не является. Однако недавно Уверским и Птицыным было показано, что состояние расплавленной глобулы может быть, по крайней мере в некоторых белках, отделено от "более развернутого" состояния переходом типа "все-или-ничего", и что только дальнейшее разворачивание этого "более развернутого" состояния до клубка является плавным, как того требует показанная на Рис.16-10 теория.
           Сосуществование двух фаз  —  "расплавленных" и "менее плотных" глобул  —  наблюдается при хроматографировании белка в области таких концентраций денатуранта, где расплавленная глобула разваливается. Наличие раздвоенного пика на таких хроматограммах (Рис.16-14) доказывает, что данный белок существует либо в одной форме (расплавленной  —  это установлено другими измерениями), либо в другой (какой-то "менее плотной")  —  но не в форме глобулы какой-то промежуточной между ними плотности.
     
     
           Рис.16-14. Сосуществование двух фаз, "компактных расплавленных глобул" (С) и "менее плотных глобул" (LC) при хроматографировании белка в области таких концентраций денатуранта (гуанидингидрохлорида), где расплавленная глобула начинает разваливаться. Обратите внимание на раздвоенность пика на хроматограммах, сделанных при 0.55  —  0.63 М GdmCl. Картинка взята из V.N.Uversky, G.V.Semisotnov, R.H.Pain & O.B.Ptitsyn, FEBS Letters (1992) 314:89-92.


           Итак, возвращаясь к фазовой диаграмме Танфорда (Рис.16-6), мы видим, что нативное состояние отделено от всех других (и от клубка RC, от температурно-денатурированного состояния НD) переходом типа "все-или-ничего" (что и обуславливает сравнительную узость этих переходов); что денатурированное состояние обязательно отличается от нативного подвижными боковыми группами, но может быть весьма компактным; и, наконец, что переход из температурно-денатурированного состояния в клубок может быть как фазовым переходом типа "все-или-ничего" для одних белков, так и (возможно) не-фазовым переходом  —  для других.
           Маленькое отступление. Вообще, нас не должно удивлять, что разные белки ведут себя по-разному. И здесь дело не столько в качественных различиях между белками, сколько в том, что мы наблюдаем каждый белок через "экспериментальное окошко", где температурный диапазон ограничен существованием жидкой воды, а диапазон воздействия денатуранта  —  его нулевой концентрацией. Поэтому, например, менее гидрофобные по своему аминокислотному составу белки  —  белки, легко разрушаемые денатурантом  —  будут демонстрировать в этом "окошке" только переход в клубок (ведь расплавленная глобула держится только остаточными гидрофобными взаимодействиями). И эти же малостабильные белки (или белки "ослабленные"  —  как, например, апомиоглобин, т.е. миоглобин, ослабленный лишением гема),  —  эти белки демонстрируют холодовую денатурацию  —  денатурацию, при которой всегда образуется клубок. У более стабильных белков она не наблюдается  —  точнее, она, видимо, просто приходится на температуры, когда вода замерзает и тем прекращает наши опыты...

           И последнее на сегодня. Имея графики зависимости и энтропии S, и энергии Е от плотности глобулы r, мы можем построить график зависимости S от E и, далее, нарисовать характерный вид энергетического спектра белка (Рис.16-15). Основной чертой этого спектра является отрыв энергии самой стабильной, т.е. нативной структуры белка от энергий, где начинается спектр подавляющего большинства остальных структур белковой цепи. Именно этот отрыв (или, как говорят, "энергетическая щель между самой стабильной структурой и ее конкурентами") и заставляет белок плавиться путем перехода "все-или-ничего"  —  а до того "терпеть", не меняясь, изменение внешних условий.
     
     
    а б

           Рис.16-15. Зависимости энтропии S от энергии Е для белковой цепи (а) и для цепи случайного гетерополимера (б). Показаны касательные к нижней части кривых S(E), определяющие температуру TC стеклования случайного полимера (она же фигурирует в статистике белковых структур) и температуру TМ плавления белка (наклон второй касательной несколько меньше, т.е. TМнесколько выше TС). Внизу показаны характерные формы энергетических спектров этих молекул. Каждая линия спектра (здесь показаны лишь немногие из этих линий) соответствует одной конформации цепи. В правой части обоих спектров этих линий очень много  —  и они сливаются. Основной чертой спектра белка  —  "отобранного" гетерополимера  —  является энергетическая щель (ширины DЕ >> kTC) между основной, самой стабильной укладкой цепи и другими, не похожими на нее укладками. Немногие структуры, чьи энергии приходятся на эту щель, представляют собой более или менее "разболтанные" или "недосвернутые" варианты основной укладки цепи.
     
     

           Теорфизические исследования разнообразных моделей гетерополимерных цепей показали, что в случайных гетерополимерах такая щель не наблюдается. Точнее  —  у случайных цепей она обычно очень мала, так что такие цепи замерзают (при температуре TC, о которой  —  чуть ниже) не скачком, как кристалл или белок, а постепенно, как стекло.
           Значит, необходимая для фазового плавления белка достаточно большая (с шириной DЕ >> kTC), энергетическая щель между самой стабильной структурой цепи и ее конкурентами возникает не в любой  —  "случайной"  —  аминокислотной последовательности, а создается отбором "белковоподобных", годных для создания белков последовательностей (в частности  —  последовательностей, допускающих плотную упаковку цепи в глобулу).

           Удалось даже ориентировочно оценить долю "белковоподобных" среди всех случайных цепей:
     
    ДОЛЯ(DЕ) ~ ехр(-DЕ/kTC) . (16.10)

           Температура TC определяется наклоном кривой S(E) перед самой щелью (Рис.16-15); TC не зависит от величины DЕ, т.е. она одинакова и для случайных, и для "белковоподобных" цепей одинакового аминокислотного состава. И это  —  та самая температура TC, что фигурирует в белковой статистике, о которой мы говорили на прошлой лекции. Рис.16-15 показывает, что, при не слишком больших DЕ, температура TC   лежит чуть ниже температуры плавления белка. А очень большие щели, большие DЕ, по-видимому, не нужны для "белковоподобного" поведения молекулы, так что отбор на них настаивать не должен; и в то же время они маловероятны, согласно формуле 16-10.

           Энергетическая щель  —  фундаментальная вещь в физике белка. Она необходима не только для того, чтобы белок разрушался бы только фазовым переходом,  —  т.е. чтобы он, не изменяясь, терпел бы (до известного предела) изменение внешних условий, т.е. для надежности работы белка. Скоро вы увидите, что она необходима и для быстрого и безошибочного сворачивания его нативной структуры.
     


ЛЕКЦИИ: ВВЕДЕНИЕ В ФИЗИКУ БЕЛКА


2007 Copyright © GenDNA.ru Мобильная Версия v.2015 | PeterLife и компания
использование материалов сайта разрешено с активной ссылкой на сайт
Яндекс.Метрика Яндекс цитирования